राष्ट्रीय अनुसूचित जनजाति आयोग 6 राज्यों में स्थित आयोग के क्षेत्रीय कार्यालयों से और नई दिल्ली में अपने मुख्यालय से कार्य का संचालन करता है।
मुख्यालय में निम्नलिखित 6 एकक हैं :-
1. प्रशासन
2. समन्वय एकक
3. अनुसंधान एकक-I
4. अनुसंधान एकक-II
5.अनुसंधान एकक-III
6. अनुसंधान एकक-IV
मुख्य कार्यात्मक एकक अनुसंधान एकक-I, अनुसंधान एकक-II, अनुसंधान एकक-III और अनुसंधान एकक-IV हैं जो मंत्रालयों/विभागों (अपने प्रशासनिक नियंत्रण के अन्तर्गत सीपीएसई और अन्य संगठन/कार्यालय) और राज्यों एवं संघ शासित क्षेत्रों के वितरण के अनुसार अनुसूचित जनजातियों के संबंध में समाजार्थिक और शैक्षणिक विकास, सेवा सुरक्षण और अत्याचार से संबंधित सभी मामले निपटाते हैं।
राष्ट्रीय अनुसूचित जनजाति आयोग के 6 क्षेत्रीय कार्यालय है जो राज्यों/संघ शासित क्षेत्रों में अनुसूचित जनजातियों के कल्याण के संबंध में नीति निर्माण और मार्ग निर्देशों से संबंधित मुद्दों पर निगरानी रखते हैं और समयबद्ध तरीके से विकास के बारे में आयोग के मुख्यालय को अवगत कराते हैं। क्षेत्रीय कार्यालय अनुसूचित जनजातियों के हितों को प्रभावित करने वाले राज्य सरकार/संघ शासित प्रशासन द्वारा लिए गए नीति निर्णयों को आवश्यक कार्रवाई हेतु आयोग की जानकारी में लाते हैं। .
